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BioPHP: PHP para Biocomputing

Actualizado pasado: De Junio El 8 De 2003 (Domingo)

Mensaje Agradable

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Usted ha alcanzado el website del proyecto de BioPHP. El proyecto comenzó el pasado mes de febrero de 2003 bajo el nombre de GenePHP . Apunta ampliar la lengua scripting de PHP así que puede ser utilizado para la biología y el bioinformatics. Desde entonces, el proyecto ha atraído a 10 miembros, y ha producido 7.000 líneas de código de computadora. Puede leer los ficheros de datos de GenBank y de Swissprot . Este proyecto pronto volverá a poner a www.biophp.net .

El proyecto se ha retitulado al proyecto de BioPHP: PHP para Biocomputing. La gente dice el GenePHP " conocido " da la idea incorrecta que el proyecto está limitado a la genética. Después de una cierta consulta, he decidido cambiar el nombre del proyecto.

El proyecto sigue siendo un trabajo en marcha. Estamos construyendo actualmente un modelo para los datos biológicos que bajan dentro del alcance del proyecto. El trabajo es también en curso escribir el código que puede leer otros archivos tales como el Kegg Ligand y Biopathways, Prosite, y PDB. Quisiéramos animar a gente que ensamble y contribuya al proyecto. Su contribución podía estar en el lado que computaba o en el lado de la biología. Finalmente, quisiera agradecer a todos los miembros por sus esfuerzos y mis amigos para su estímulo.

Sergio E. Gregorio, Jr.
Líder De Proyecto

¿[ objetivo ] del proyecto [ qué lo hace la lata BioPHP? ] [ Archivos ] De BioPHP [ Varios Acoplamientos ] [ Mi Curriculum vitae ]

¿Cuál Es Nuevo?

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Programa agregado de PHP para el PRF, PDBSTR, y Unigene (de junio el 8 de 2003)
Programa agregado de PHP para los BLOQUES, PRODOM, y PMD (de junio el 7 de 2003)
Agregó un módulo para traer los datos (Swissprot) remotamente (de junio el 6 de 2003)
Agregó un módulo del escritor para los expedientes de la reacción de Kegg. (de junio el 5 de 2003)
Las escrituras de Demo agregaron ¡-- programas de análisis para AAIndex, promotores de EPD, Transfac que ata archivos de Sites/Factor Tables/Cell, la base de datos de Kegg Ligand, Prosite, Swissprot, GenBank, PDB, y muchos más! (de junio el 4 de 2003)
¡Tenemos una nueva insignia y un nuevo aspecto! Algunas páginas están bajo construcción. Por favor oso con nosotros. (de mayo el 18 de 2003)
Agregó una tabla del estado del proyecto para seguir el trabajo y las contribuciones de los miembros del proyecto. (de mayo el 15 de 2003)

¿Cuál es Bioinformatics?

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Bioinformatics es...

el uso de la tecnología de información (ÉL) a la gerencia (sistemas generalmente grandes de) de la información biológica, tal como DNA, RNA, y secuencia de la proteína y datos estructurales.
centrado en la gerencia de información (desarrollo de bases de datos biológicas, de interfaces del DB, y de herramientas de la pregunta) y la explotación minera de los datos (herramientas para la detección de patrones en datos biológicos).
un subconjunto " de la biología de cómputo, " que es el uso de métodos y de técnicas cuantitativos en modelar los sistemas biológicos, e.g. simulación de procesos bioquímicos y celulares, de movimientos moleculares y de interacciones, etc.
interdisciplinario y préstamos pesadamente del campo de las matemáticas, de la informática, de la lingüística, del etc.
una herramienta valiosa de la investigación porque genera " los plomos " o las hipótesis que se pueden entonces probar experimental.

¿Cuál es PHP?

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PHP es...

una lengua scripting HTML-encajada servidor-lado (desemejante del Javascript que se funciona en " el cliente-lado ").
capaz de hacer cualquier cosa que cualquier otro programa del cgi puede hacer, por ejemplo recoja los datos de la forma, genere el contenido dinámico de la página, envíe y reciba las galletas, el etc.
sabido para su ayuda para una amplia gama de bases de datos.
relativamente simple y fácil utilizar (cuando está comparado,por ejemplo, al Perl o a Java).
capaz " de hablar " con otros servicios usando protocolos tales como IMPA, SNMP, NNTP, POP3, HTTP, etc.
tiene una base grande de la instalación y una comunidad vibrant del revelador.
localizado en www.php.net (Home Page oficial) .

Objetivo Del Proyecto

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El proyecto de BioPHP es un proyecto no lucrativo, abierto del software de la fuente que las punterías para ampliar la lengua scripting así que lo de PHP se pueden utilizar para desarrollar usos del bioinformatics. BioPHP no es un uso del bioinformatics. Algo, es una colección de herramientas para ayudar a los reveladores de PHP a escribir usos del bioinformatics más rápidamente que si tuvieron que empezar con rasguño usando una versión llana de PHP.

Miembros Del Proyecto

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Administrador Del Proyecto: Serge Gregorio, Jr.
Developers/Admin:
     Serge Gregorio, Jr. , Ateneo de Manila University
     Nico Stuurman , Miembro, Proyecto Científico De la Base de datos De la Imagen (SIDB) , Proyecto De PhpLabWare
     Sean Clark, Idaho, biophp.bioinformatics.org
     Rogelio Nocom , Asia Alió Tecnologías
     Elpidio Latorilla, Líder De Proyecto, Cuidado 2x
    Frankie A., Alemania
Consultor De la Biología:
     Manny Libongco, M.D. I.M. - Hematología, Centro Médico Del este De Manila
     Rey de Brandon , Genomics y consultor de Python
Consejero De Bioinformatics:
     Allan Sioson , Tech De Virginia
Garantía De Calidad:
     Joel Ramos, CPA, universidad de las Filipinas - Diliman

Chasque aquí para más información sobre el proyecto.